Laadukas lähetys- ja avustustyö vaatii suunnittelua ja seurantaa, mikä takaa hyvät tulokset ja estää taloudelliset väärinkäytökset. Kohdemaiden ja lähetyskenttien toiminnasta vastaavat nimetyt vastuuhenkilöt, jotka raportoivat säätiön hallitukselle. Säätiö toimii yhteistyössä tunnettujen ja luotettavien suomalaisten ja kansainvälisten yhteistyökumppanien kanssa. Patmoksen suomalaiset työntekijät valvovat toimintaa ja avun perillemenoa. Sisäisessä valvonnassa sovelletaan säätiön rahavarojen käytön kontrolliohjeistusta.

Tilintarkastuksesta vastaa Grant Thornton oy. Patmos Lähetyssäätiön on Vastuullinen Lahjoittaminen ry:n jäsen.